Chaire de recherche en salubrité des viandes
Université de Montréal

Sources de contamination fermes-abattoir

Utilisation d'outils de caractérisation moléculaire, d’analyse systémique des intervenants et de géomatique pour l’identification des principaux vecteurs et sources de contamination par les bactéries et les indicateurs viraux au niveau de la ferme et l’abattoir.

Responsable : Dre Ann Letellier

Objectif général

Identifier les vecteurs et les sources de contamination microbienne entre les troupeaux et l’abattoir à l’aide d’outils géomatiques, génomiques et systémiques.

Objectifs spécifiques

  1. Sélectionner une région géographique, comprenant un abattoir, dix fermes et un réseau de transport (intervenants). Procéder par entretiens avec les intervenants pour déterminer une image des liens entre les intervenants.
  2. Élaborer un protocole d’échantillonnage et de méthodes pour Salmonella, E. coli et les virus indicateurs.
  3. Collecter les données spatio-temporelles à l’aide de dispositifs installés dans certains équipements des intervenants et de machinerie dans les dix fermes liées à l’abattoir pour produire des analyses géostatistiques.
  4. Effectuer des échantillonnages périodiques pour isoler et caractériser les microorganismes indicateurs de façon spatio-temporelle. La PCR et les sondes génétiques serviront à identifier les facteurs de virulence des indicateurs bactériens spécifiques. Les approches moléculaires serviront à établir le degré de parenté entre les virus et les isolats de bactéries à diverses étapes de la chaîne alimentaire. À l’aide d’empreintes génétiques de microorganismes sélectionnés, des liens seront établis entre les mouvements de personnes /vecteurs et toutes les autres informations utiles recueillies concernant les intervenants. Toutes les interdépendances entre les intervenants seront étudiées afin de mieux comprendre la situation réelle, pour mieux se concentrer sur les interventions liées à l’impact réel de la contamination de micro-organismes dans une approche « de la ferme à la table ».
  5. Les analyses géostatistiques des données combinées seront recoupées par les données microbiologiques et éléments macroscopiques comme la topologie du terrain et des voies de transport ainsi que les flux de personnes et de matériel. Des techniques de pointe de visualisation géomatique appuieront la présentation et le partage des résultats.

Pour en savoir plus : Innovation Porc Canada

Étudiants 

Gabriel Desmarais, maîtrise, 2015, directeur Philippe Fravalo, codirecteur John Fairbrother

Alexandra-Elayiz HENRY, maîtrise, 2014, directeur Philippe Fravalo, codirectrices Ann Letellier et Sylvette Laurent-Lewandowski

Virginie Lachapelle, maîtrise, 2013, directeur Yvan L’Homme, codirectrices Julie Brassard et Ann Letellier

 

Partenaires scientifiques

ACIA, John Fairbrother, Université de Sherbrooke, B. side U