Groupe de recherche et d’enseignement en salubrité alimentaire
Université de Montréal

Performance analytique des protocoles de détection de norovirus par RT-PCR dans les laboratoires canadiens

Membres du GRESA collaborant au projet :

Analytical performance of norovirus real-time RT-PCR detection protocols in Canadian laboratories.

Mattison, K., Grudeski, E., Auk, B., Brassard, J., Charest, H., Dust, K., Gubbay, J., Hatchette, T.F., Houde, A., Jean, J., Jones, T.H., Lee, B.E., Mamiya, H., McDonald, R., Mykytczuk, O., Pang, X.L., Petrich, A., Plante, D., Ritchie, G., et Booth, T.F. (2011). « Analytical performance of norovirus real-time RT-PCR detection protocols in Canadian laboratories. », Journal of Clinical Virology, 59(1), p. 109-113. doi: 10.1016/j.jcv.2010.10.008

Résumé

Contexte : Les norovirus sont la principale cause des gastro entérites infectieuses dans le monde. La transcription inverse suivie de la PCR en temps réel (RT PCR en temps réel) est la méthode que choisissent la majorité des laboratoires d’analyse pour détecter les norovirus. Même si la région cible acceptée pour les épreuves moléculaires de détection est la jonction conservée ORF1 ORF2, de multiples variations publiées font état de différences relativement aux amorces, aux sondes, aux réactifs, à la PCR multiplexe, etc. Objectifs : Nous voulions évaluer, pour chaque laboratoire participant, les limites de la RT PCR en temps réel pour la détection du norovirus de génotype GII.4 ainsi que la capacité de détection des norovirus d’un génotype autre que GII.4. Méthodologie : Nous avons distribué un ensemble de 25 échantillons d’ARN à 18 laboratoires d’analyse pour comparer les méthodes RT PCR en temps réel qu’ils utilisent pour détecter les norovirus. Résultats : Les divers protocoles, qui présentent de légères différences relativement aux réactifs ou aux conditions, ont tous réussi à détecter les 10 équivalents génomiques de norovirus ou moins par réaction. Les techniques multiplexes ont été associées de manière significative (P = 0,04) à des faux négatifs, surtout dans le cas d’une souche GI.2. La sensibilité de la détection a été associée à des faux positifs (P = 0,03). Conclusion : Dans l’ensemble, les données révèlent que des conditions d’analyse légèrement différentes produisent des résultats comparables.