Les différentes activités et services sont décrits plus en détails dans les différents onglets. Les membres du LEMP participent à plusieurs activités cliniques et offrent des outils spécialisés pour aider à la gestion de la santé des troupeaux et offrir un support aux vétérinaires.

PROJETS DE CONTRÔLE SRRP AU QUÉBEC

  • 9 projets de contrôle local et d’élimination du virus SRRP (CLÉ)
    •      - 35 à 300 sites par groupe
    •      - plus de 1100 sites impliqués, soit près de 45% des sites porcins

  • 1 réseau de santé de plus de 800 sites

  • Au total, près de 1900 sites participent à des activités de contrôle, soit plus de 76% des sites.

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    Le LEMP est impliqué dans 8 des projets CLÉ. Il fournit mensuellement aux vétérinaires différents outils et rapports reliés au séquençage du virus. Ces rapports aident à mieux comprendre la circulation du virus SRRP au sein d’un projet CLÉ, et donc de mieux cibler les mesures de contrôles à apporter, que ce soit à l’échelle d’un troupeau ou collectivement pour l’ensemble des sites du projet.

    Lorsque le LEMP reçoit des séquences du virus SRRP des différents laboratoires, il identifie celles qui proviennent d’un site participant à un projet de contrôle. Pour chaque groupe, il produit mensuellement des rapports qui sont envoyés par courriel aux vétérinaires impliqués. Le vétérinaire peut communiquer les informations au producteur qui peut alors bénéficier d’explications et de la mise sur pied, s’il y a lieu, d’un plan d’action pour mieux contrôler le SRRP sur la ferme et régionalement.

    Les différents outils accessibles aux vétérinaires pour les projets de contrôle sont :

  • Graphique des introductions de virus dans les maternités
  • Carte interactive
  • Arbre phylogénétique
  • Matrice de similarité génétique
  • Le LEMP répertorie pour chaque projet CLÉ, toutes les nouvelles introductions de virus SRRP dans les maternités, soit dans tout troupeau où l’on retrouve des truies. Ce type de rapport est également disponible à l’échelle du Québec.

    Chaque séquence de virus SRRP reçue au LEMP est comparée avec toutes les autres séquences soumises antérieurement pour cette maternité. Si la séquence est génétiquement différente des autres, on considère qu’il y a eu introduction d’un nouveau virus dans le troupeau. Lorsqu’aucune autre séquence n’est disponible, le vétérinaire traitant est contacté pour confirmer que ce troupeau était réellement négatif pour le SRRP avant cette nouvelle contamination ou avait complété un processus d’éradication efficace.

    Cumulatif



    Les données sont rapportées en termes « d’année SRRP », soit de juillet à juin pour suivre le cycle du virus et comparer facilement les années





    Cumulatif



    Les résultats sont aussi rapportés par mois et selon les années avec une moyenne mobile calculée sur 6 mois pour mieux saisir les tendances à long terme.






    Cette carte interactive combine des informations géographique, épidémiologique et génétique. Elle permet de déterminer au sein d’un groupe de contrôle les sites de production qui présentent des séquences génétiquement similaires à celle d’une ferme spécifique et ce, selon un seuil déterminé par l’utilisateur lui-même. L’outil permet aussi de localiser les différents sites de production et d’être en mesure d’évaluer la distance les séparant. Grâce à l’interactivité, on obtient de l’information plus détaillée pour chacun des sites participant : le nom du propriétaire, l’adresse de la ferme, le type de production et la date d’échantillonnage. Cette carte interactive est très facile à utiliser et est accessible par notre site web.

    carte interactive


    Vidéo tutoriel complet de la carte interactive


    L’arbre phylogénétique inclut toutes les séquences recueillies depuis le début d’un projet CLÉ. Pour chaque séquence, on y retrouve l’identifiant du projet CLÉ, la date d’échantillonnage, le nom de la ferme, l’adresse complète, le type de production, le nom du vétérinaire, le type de souche et le numéro du cas. Ces informations sont associées à chaque séquence pour faciliter la recherche de liens épidémiologiques entre les fermes. Cela peut aider à émettre des hypothèses sur les sources d’infection pour un troupeau en particulier et envisager des mesures de contrôle appropriées. Les souches vaccinales de référence (MLV, ATP, Fostera) sont ajoutées à titre de référence.

    arbre

    Cette technique permet une excellente représentation visuelle de la relation existant entre toutes les séquences d’un même projet CLÉ. La distance génétique entre deux séquences est représentée par la longueur des branches horizontales les reliant. Plus la longueur de branche à parcourir afin de rejoindre une deuxième séquence est longue, plus les séquences sont éloignées génétiquement.

    La lecture et l’interprétation des résultats étant complexes, le LEMP recommande fortement les services d’un vétérinaire lors de l’utilisation de tels outils.


    Cet outil, très apprécié des vétérinaires québécois, permet d’obtenir la similarité précise entre deux séquences. Par contre, il ne permet pas d’avoir une perspective globale sur la similarité génétique entre toutes les séquences.

    Dans cette matrice qui regroupe toutes les séquences soumises depuis le début du projet de contrôle (voir image ci-dessous), on y rapporte le pourcentage de similarité génétique observé entre chaque paire de séquences. On y retrouve aussi le numéro de cas, la date de l’échantillonnage, ainsi que l’identification de la ferme. Un code de couleur est utilisé, les similarités génétiques ≥97,5% sont indiquées en jaune foncé, alors que celles qui se situent entre 96% et 97,5% sont en jaune pâle. Le rapport inclut également trois souches vaccinales (MLV, ATP, Fostera) pour identifier rapidement si la nouvelle séquence soumise est apparentée à une souche vaccinale ou non.

    Matrice


    COMPARAISON DE SÉQUENCES SRRP

    Le LEMP a développé un outil qui permet de tenir un registre des séquences soumises dans les 4 dernières années. Chaque vétérinaire a accès à 4 modules:

          - Registre des séquences soumises par ses clients
          - Comparaison avec les souches vaccinales commerciales
          - Comparaison avec les séquences soumises antérieurement par le même site
          - Comparaison avec l’ensemble des séquences du Québec

    Chaque vétérinaire peut ainsi visualiser rapidement les séquences de ses clients.

    comparaison


    Chaque séquence listée dans le registre du vétérinaire peut ensuite être comparée. Il est possible d’obtenir la similarité génétique d’une séquence avec :

          -Les souches vaccinales de référence (R-MLV, R-ATP, R-Fostera);
          -Les autres séquences provenant du même site de production

    comparaison


    Conditionnel à ce que des ententes de partage d’information aient été conclues entre vétérinaires, le vétérinaire peut également comparer les séquences de ses clients avec les autres séquences contenues dans la banque du LEMP.

    comparaison


    Dans les résultats de la comparaison, lorsqu’il s’agit de séquences soumises par d’autres vétérinaires, seuls le numéro de séquence, la date d’échantillonnage, le nom du vétérinaire traitant et la similarité apparaissent. Des informations additionnelles ne sont fournies que pour les séquences que le vétérinaire aurait lui-même soumises : le nom du site, l’adresse, le type de production et s’il s’agit d’une souche vaccinale. Pour plus de détails, voir notre guide d’utilisation en cliquant ici.


    SURVEILLANCE PROVINCIALE SRRP

    Le LEMP répertorie pour chaque projet CLÉ, toutes les nouvelles introductions de virus SRRP dans les maternités, soit dans tout troupeau où l’on retrouve des truies.

    Chaque séquence de virus SRRP reçue au LEMP est comparée avec toutes les autres séquences soumises antérieurement pour cette maternité. Si la séquence est génétiquement différente des autres, on considère qu’il y a eu introduction d’un nouveau virus dans le troupeau. Lorsqu’aucune autre séquence n’est disponible, le vétérinaire traitant est contacté pour confirmer que ce troupeau était réellement négatif pour le SRRP avant cette nouvelle contamination ou avait complété un processus d’éradication efficace.

    Cumulatif



    Les données sont rapportées en termes « d’année SRRP », soit de juillet à juin pour suivre le cycle du virus et comparer facilement les années





    Cumulatif






    Les résultats sont aussi rapportés par mois et selon les années avec une moyenne mobile calculée sur 6 mois pour mieux saisir les tendances à long terme.







    PARTICIPATION À LA VEILLE SANITAIRE PROVINCIALE
    logovsp

    Le LEMP est également un des partenaires officiels de la Veille Sanitaire Provinciale (VSP) sur le SRRP avec le Centre de développement du porc du Québec (CDPQ), Les Éleveurs de Porcs du Québec (EPQ) et le Ministère de lAgriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec (MAPAQ). https://vsp.quebec.

    Le LEMP est responsable de recueillir et de traiter l’information sur le séquençage du virus.
    GUIDE D’UTILISATION DES OUTILS

    Un guide d’utilisation de l’outil de comparaison de séquences et de la carte interactive SRRP est disponible. Cliquez ici

    Un tutoriel pour la carte interactive est également disponible. Cliquez ici
    CONSULTATION

    consultation
    Le LEMP offre un service de consultation pour des investigations plus poussées sur les sources potentielles de contamination par le virus SRRP ou d’autres agents pathogènes que ce soit au niveau d’un troupeau ou au sein d’un réseau.

    Un service vétérinaire de visite à la ferme est également offert à travers la clinique ambulatoire de la Faculté de médecine vétérinaire. Il peut s’agir de suivi régulier, de visite ponctuelle ou d’investigations de problèmes particuliers.

    Pour plus d’informations, veuillez contacter Dre Sylvie D’Allaire par téléphone au 450-773-8521 poste 8473 ou par courriel : sylvie.dallaire@umontreal.ca