Chercheur principal : Daniel Scholl, Université de Montréal

Collaborateurs : Marie-Ève Paradis, Denis Haine and Serge Messier, Université de Montréal, Stephen Oliver, University of Tennessee
Étudiant: Josaphat Comeau, Université de Sherbrooke

 

La culture bactériologique d’un échantillon de lait est la méthode standard pour l’identification de la bactérie responsable de la mammite. Toutefois, cette méthode a ses limites : faible détection, perte potentielle d’information due à la détérioration de la viabilité des bactéries, délais d’incubation et de confirmation de l’identification des espèces de bactéries. Une technique de laboratoire nommée « amplification en chaîne par polymérase », ou « test PCR » est de plus en plus présente sur le marché. La technique PCR offre un potentiel intéressant en bactériologie et pourrait être plus sensible, plus précise et plus rapide que la culture bactériologique car elle reconnaît l’ADN de la bactérie. Au niveau de la ferme, une réduction du délai entre l’identification de la bactérie et le diagnostic final permettrait une intervention plus rapide du médecin vétérinaire traitant.

Le PCR démystifié L'amplification en chaîne par polymérase ou réaction en chaîne par polymérase (PCR est l'abréviation anglaise de polymerase chain reaction) est une méthode de biologie moléculaire qui permet de copier en grand nombre (avec un facteur de multiplication de l'ordre du milliard), une séquence d'ADN ou d'ARN connue, à partir d'une faible quantité d'acide nucléique (séquence spécifique d’ADN). De nouveaux tests PCR qui permettent d’identifier plusieurs bactéries en même temps font depuis peu leur apparition sur le marché. On les appelle PCR multiplexes. Pour la plupart, ces tests permettent même de mesurer la quantité de bactéries dans l’échantillon. Dans ce cas, on dit du PCR qu’il est en temps réel.

Objectif 1. Comparer les probabilités d’avoir des résultats faux positifs et faux négatifs entre la technique PCR d’un système multiplexe et la culture bactériologique pour la détection des bactéries responsables de la mammite dans des échantillons de lait de la Cohorte nationale des fermes laitières

 

L’objectif de ce projet était de comparer les probabilités d’avoir des résultats faux positifs et faux négatifs entre une technique PCR multiplexe développée dans un laboratoire du Tennesse, USA, et la culture bactériologique. Plus de 1700 échantillons de lait provenant de cas de mammite clinique ainsi que 1500 autres échantillons de lait provenant de vaches d’apparence saine ont été à la fois analysés par la technique PCR et la culture bactériologique. Les résultats indiquent que les performances du test PCR développé au Tennessee sont souvent comparables à la culture. Le degré de sévérité de la mammite semble cependant influencer, pour E. coli et Staphylococcus aureus, la performance du test PCR. En effet, la sensibilité (capacité du test à donner un résultat positif lorsque la bactérie est réellement présente) du test PCR diminuait de plus de 10% lorsque l’échantillon de lait mammiteux provenait d’une vache pour laquelle le quartier était enflé. La spécificité (capacité du test à donner un résultat négatif lorsque la bactérie recherchée est absente) était, quant à elle, dans tous les cas supérieure à 99%, autant pour le test PCR que pour la culture.